Constantine the Great pada awal abad ke-4 memerintahkan untuk membina sebuah kuil di atas kubur Rasul Petrus. Keinginan maharaja Romawi yang pertama dijelaskan oleh fakta bahawa makam rasul Petrus yang disalibkan selalu dihormati oleh pengikut Kristus. Pembinaan berterusan selama beberapa dekad di bawah pengawasan Paus Sylvester I, dan siap pada tahun 349. Kuil ini dinamakan Constantine Basilica - untuk menghormati maharaja yang memulakan pembinaannya.
Pada tahun 846, kuil itu dijarah oleh lanun Arab. Peristiwa ini mendorong Paus Leo IV mendirikan tembok pertahanan yang mengelilingi basilika dan bangunan bersebelahan. Idea ini kemudian diadopsi untuk Vatikan, negara kota kepausan.
Pada awal abad ke-16, basilika itu bobrok, dan diputuskan bahawa pemulihannya terlalu mahal dan tidak dibenarkan. Walaupun tidak berpuas hati penduduk kota, Paus Julius II memerintahkan pemusnahan basilika dan gereja baru didirikan di tempatnya. Pengarang projek tersebut adalah Donato Bramante. Katedral baru dibina selama lebih dari satu abad, dan banyak tuan besar mengawasi pembinaan, di antaranya Raphael dan Michelangelo dapat dibezakan.
Pada awal abad ke-17, pembinaan dilakukan di bawah pengawasan arkitek Carlo Maderno, yang, dengan persetujuan Paul V, membuat perubahan mendasar pada struktur kuil, menggantikan bentuk bangunan dari salib Yunani ke bahasa Latin. Langkah ini telah meningkatkan keupayaan Basilika Santo Petrus.
Mezbah utama terletak di atas makam rasul, yang terletak di pusat kuil. Terletak di bawah kubah yang dirancang oleh Michelangelo. Di belakang anda dapat melihat takhta yang terbuat dari gading dan kayu. Adalah dipercayai bahawa Saint Peter duduk di takhta ini, menjadi Paus Rom. Katedral dibuat dalam gaya Baroque, pengarang sebahagian besar perinciannya adalah Lorenzo Bernini.
Paus dikebumikan di penjara bawah tanah katedral. Pengebumian terakhir dilakukan pada tahun 2005, ketika John Paul II meninggal. Secara keseluruhan, 148 paus menemui tempat perlindungan terakhir mereka di Basilika Santo Petrus.